故事发生在东京八丈岛近海这里建成了一座连接了全球各地警方监控摄像的海洋设施“太平洋浮标”在这座设施正式启动之前为了与欧洲刑警组织管辖的范围联网世界各国的IT工程师来到现场而与此同时一项应用了人脸识别系统的“新技术”的测试也在进行中……另一方面柯南和少年侦探团在园子的招待下来到八丈岛赏鲸此时柯南接到来自冲矢昂（赤井秀一）的电话被告知欧洲刑警组织的成员在德国遭到琴酒的杀害为调查真相柯南偷偷混进了前往“太平洋浮标”进行警备工作的黑田兵卫等警视厅人员乘坐的警备艇中进入设施内部之后在为系统启动而稳步展开准备工作的设施内发生了案件——一名女性工程遭到黑衣组织的绑架而她手中装有某些情报的U盘也落到了黑衣组织的手里海中传来令人毛骨悚然的螺旋桨声而此时身在八丈岛的灰原哀身边也正有黑影在悄悄靠近……