故事发生在战国时代出生于三流贫穷忍者之家的少年乱太郎（加藤清史郎饰）肩负着父母的期望进入了一流忍者学校——忍术学园——学习该学园最早由天才忍者大川平次涡正（平干二朗饰）创立如今他虽年事已高却仍然武功高超而且搞怪不断他更带领忍者学园与死对头稗田八方斋（松方弘树饰）展开了连番激斗忍术学园的学生们被称为“忍者之蛋”（简称“忍蛋”）乱太郎被编入一年叶组（一年は组）在此他结识了富商之子新兵卫（木村风太饰）和父母双双阵亡的雾丸（林辽威饰）三个小家伙结成了情深意笃的三人组从此开始了他们充满补习、重考和各种失败的快乐学校生活\r　某一天四年叶组出身于理发世家的齐藤鹰丸（沟口琢矢饰）和父亲齐藤幸隆（鹿贺丈史饰）在家中遭到刺客万寿鸟（竹中直人饰）、土寿鸟（石垣佑磨饰）的袭击原来齐藤父子曾是八方斋麾下毒竹忍者队的成员虽然早已脱离了这个邪恶的组织但是忍者队还是紧追不舍誓要取齐藤父子的性命在这危急关头园长和八方斋约定了一场对决只要忍术学园能够冲入毒竹山敲响打鸣寺的大钟忍者队就彻底放弃齐藤父子正所谓初生牛犊不怕虎一年级的小忍蛋们在高年级生的支持下决定挑战这个困难而危险的对决一方是初入学园的新生一方是拥有丰富实战经验的专业忍者乱太郎他们能否取得最后的胜利呢